De Federale Synode werd begin 1998 opgericht als overkoepelende organisatie voor drie bestaande evangelische organisaties: de Franstalige Evangelische Federatie van België (FEFB), de Evangelische Alliantie Vlaanderen (EAV) en het Verbond van Vlaamse Pinkstergemeenten (VVP). Verschillende andere denominaties zijn later eveneens toegetreden tot de Federale Synode.

Het voornaamste doel bij de oprichting van de Federale Synode was om voor de evangelische kerkgemeenten een eigen vertegenwoordiging bij de Belgische overheid mogelijk te maken, en om de evangelische kerkgemeenten in staat te stellen medezeggenschap te hebben in de verschillende sectoren die de overheid openstelt voor de erkende erediensten: uitzendingen op radio en tv, godsdienstonderwijs op de openbare scholen en de diverse aalmoezenierschappen (leger, gevangenissen, zorginstellingen).

Sinds 1839 werd (de rechtsvoorganger van) de Verenigde Protestantse Kerk in België (VPKB) door de overheid beschouwd als gesprekspartner voor de protestants-evangelische eredienst. Meer dan anderhalve eeuw hebben verschillende protestants-evangelische kerkgemeenten met wisselend succes geprobeerd om overheidserkenning te krijgen buiten de gebruikelijke protestantse gesprekspartner om, maar meestal lieten ze zich vroeg of laat vertegenwoordigen door wat nu de VPKB is. Door de sterke groei van de evangelische kerkgemeenten na de Tweede Wereldoorlog, en vooral sinds de jaren 1970, werd deze monopoliepositie uit het verleden in toenemende mate als onbevredigend ervaren.

Kort na haar oprichting heeft de Federale Synode een officiële aanvraag tot erkenning ingediend bij het Ministerie van Justitie. Het doel van deze aanvraag was om de officiële vertegenwoordiging van de protestantse eredienst te delen met de historische protestantse kerk, niet om een monopolie te verkrijgen.

Als gevolg hiervan zijn er op voorstel van het Ministerie van Justitie begin 1999 onderhandelingen begonnen tussen de Federale Synode en de VPKB met het doel een gezamenlijk representatief orgaan op te richten dat de erkende protestantse eredienst zou gaan vertegenwoordigen. Hieraan is een kleine vier jaar gewerkt, in een sfeer van toenemend vertrouwen. Op 9 november 2002 werd er dan een volledig uitgewerkt voorstel over een ‘Administratieve Raad voor de Protestants-Evangelische Eredienst’ (ARPEE) ter stemming voorgelegd aan de beide synodevergaderingen: die van de VPKB en die van de Federale Synode. Aan beide kanten werd het voorstel met een ruime meerderheid goedgekeurd. De overeenkomst werd van kracht met ingang van 1 januari 2003.

De Federale Synode organiseert geen godsdienstige activiteiten, zoals kerkdiensten, gebedsbijeenkomsten of de uitgave van godsdienstige publicaties. Deze terreinen vallen onder de verantwoordelijkheid van de aangesloten kerkgemeenten en denominaties.

Alle leden hebben de gelegenheid om hun standpunt kenbaar te maken over verschillende onderwerpen van het protestantse godsdienstige leven in de synodevergaderingen, die eenmaal of tweemaal per jaar gehouden worden. De Uitvoerende Raad van de Federale Synode bereidt de synodevergaderingen voor, voert de besluiten uit en communiceert ze aan externe betrokkenen (VPKB, ARPEE, overheden), en beheert de lopende zaken.

Momenteel vertegenwoordigt de Federale Synode ruim 500 kerkgemeenten in België, gegroepeerd in achttien denominaties, met een geschat zielental van 110 000 personen, kinderen inbegrepen.

 

Zie ook FS jaartallen en aantallen 2015